Преподобномученик Пафнутий родился в 1866 году в деревне Победное Мценского уезда Орловской губер­нии в семье крестьянина Федора Костина и в крещении был наречен Борисом. Первоначальное образование он получил в сельской школе. Борис был младшим у ро­дителей, и отец благословил его идти в монастырь. Он поступил в Оптину Пустынь и на тридцать четвертом году жизни, 5 августа 1900 года, был пострижен в мона­шество с именем Пафнутий; 23 августа 1904 года он был рукоположен во иеродиакона, а 8 августа 1910 года – во иеромонаха.