Три года пробыл он в глубоком уединении, лишь раз в месяц пастух приносил ему немного хлеба и воды. День и ночь проводил подвижник в молитвах и пении псалмов. После каждого стиха псалмопевца преподобный Иоанникий творил молитву, которую в несколько измененном виде хранит Православная Церковь до сих пор: "Упование мое Отец, прибежище мое Христос, покров мой Дух Святой". Случайно встретив своих бывших товарищей по военной службе, святой покинул пустыню и удалился в Контурийские горы.

Часто случается, что тайный и тяжкий грех наш остается неизвестным для человеков, остается без наказания, будучи прикрыт милосердием Божиим; в это же время или по истечении некоторого времени принуждены бываем пострадать сколько-нибудь вследствие клеветы или придирчивости, как бы напрасно и невинно.