Кончина митрополита Макария последовала внезапно в 1882 году с 9-е на 10-е число июня в половине 12-го часа ночи. В это время Владыка находился на своей даче в Черкизове, вне Москвы. По словам очевидцев, в первом часу дня, по обычаю, он пошел купаться на пруд. Войдя в купальню и несколько раз окунувшись, он покачнулся, что заметил находившийся с ним в купальне келейник, – подумал, что он оступился. Однако Владыка немедленно повернулся к выходу из купальни. Подойдя к лестнице и взявшись за перила, он старался ступить ногою на ступеньку лестницы, однако нога ему изменяла и попадала всё мимо ступеньки.

Потеря близких людей есть одно из величайших бедствий, постигающих человека в этой земной жизни. За утешениями в подобного рода несчастиях обращались очень многие и к преосвященному епископу Феофану, прося его наставлений и молитв. Епископ Феофан обыкновенно удовлетворял просителей и в своих письмах давал ответы на вопросы, обращенные к нему. Письма эти по своей простоте и вместе с тем по глубокому пониманию духовной жизни имеют руководственное значение для всех.