Отец Рафаил (в миру Родион) родился в Курской губернии в обычной крестьянской семье. Отец работал сапожником, занимался переплётным делом. Родион окончил церковноприходскую школу, учился в земском училище, работал, как и отец, сапожником. Будучи призванным в армию в 1913 году, окончил военно-ветеринарную фельдшерскую школу. Все эти профессии очень пригодились ему в дальнейшей жизни.