Полгода он провел в Киеве (сентябрь 1409 - февраль 1410), занимаясь устроением дел южных епархий Русской Церкви, входивших тогда в состав княжества Литовского, а точнее, как его называли, Литовского и Русского. Святитель видел, что престол митрополита - духовное средоточие церковной жизни Руси - не может находиться в Киевской земле, все более подпадавшей в зависимость от католической Польши. По примеру прежних русских митрополитов, перенесших свое местопребывание сначала во Владимир, а затем в Москву, митрополит Фотий в день Святой Пасхи 1410 года прибыл в Москву.