протоиерей Философ Николаевич Орнатский родился 21 мая 1860 года на погосте Новая Ерга Череповецкого уезда Новгородской губернии в семье сельского священника. Один из его братьев был женат на племяннице святого праведного Иоанна Кронштадтского. Обучался Философ сначала в Кирилловском Духовном училище, а затем в Новгородской Духовной Семинарии. В 1885 году он со степенью кандидата богословия окончил Санкт-Петербургскую Духовную Академию.