Преподобный Анатолий, как и преподобный Сергий Радонежский, совершенно исполнил заповедь Божию о почитании родителей, откладывая свое желание поступить в монастырь до кончины матери. В Оптину Пустынь будущий старец, в миру Александр, поступил 15 февраля 1885 года, когда ему исполнилось 30 лет. Он был определен в скит келейником преподобного старца Амвросия одновременно с иноком Нектарием, тоже будущим старцем.