Преподобный Пафнутий был правнуком баскака Владимирской Руси (сборщиком податей для Золотой Орды) Амырхана (XIII в.), дед будущего святого также был баскаком – он принял Православие с именем Мартин. Преподобный родился в 1394 году в семье Иоанна и Фотинии, отличавшихся страннолюбием и богобоязненностью, и наречен Парфением. Родители воспитывали его в любви к Церкви и благочестии. В 20 лет он с их благословения принял монашеский постриг с именем Пафнутий в Покровском монастыре возле Боровска. Он был отдан под руководство ученику преподобного Сергия Радонежского святому Никите Серпуховскому, у которого семь лет находился в послушании, научаясь монашеской жизни и иноческим добродетелям.