Ему были свойственны спокойствие и глубина созерцания в сочетании с горячей верностью, нежная и безграничная любовь с пылкостью и даже некоторой резкостью. Из кратких указаний Евангелистов видно, что он обладал в высшей степени пылкой натурой, сердечные порывы его иногда доходили до такой бурной ревности, что Иисус Христос вынужден был умерять их, как несогласные с духом нового учения (Мк. 9, 38–40; Лк. 9; 49–50: Лк. 9, 54–56) и назвал апостола Иоанна и его родного брата Иакова "сынами грома" (Воанергес). В то же время он обнаруживает редкую скромность и, несмотря на свое особенное положение среди апостолов как ученика, которого любил Иисус, он не выделялся из ряда других учеников Спасителя. Отличительными чертами его характера были наблюдательность и восприимчивость к событиям, проникнутые тонким чувством послушания воле Божией.

Однажды на молитве преподобный вновь услышал Голос: "Арсений, бегай людей и пребывай в безмолвии - это корень безгрешия". - С тех пор преподобный Арсений поселился вне Скита, в уединенной келлии, приняв подвиг безмолвия, редко выходил из затвора, приходя в церковь только в праздничные и воскресные дни, ни с кем не беседовал, соблюдая полное молчание. На вопрос одного инока - почему он так скрывается от людей, подвижник отвечал: "Бог видит, что я люблю всех, но не могу быть одновременно с Богом и людьми. Силы Небесные все имеют одну волю и единодушно славят Бога, на земле же каждый человек имеет свою волю и мысли людей различны. Не могу, оставив Бога, жить с людьми".