Однажды, когда ему было восемнадцать лет, отец наказал его, после чего юноша покинул дом и ушел во Фракию (Балканы). Там он некоторое время пас скот, а затем поселился у пресвитера, который обучил его пению псалмов. Вскоре избранник Божий принял постриг в одном из монастырей. Борясь против искушения плоти, святой подвижник провел пятьдесят дней в строжайшем посте, а затем, по благословению настоятеля обители, выпил во время вечерни в присутствии братии вино с хлебом и исцелился от страсти.

"Однажды святому Пахомию пришлось зайти в монастырь, где иноки были заражены еретическими воззрениями. Здесь монахи передали Пахомиевым ученикам, что их начальник предлагает Пахомию вместе перейти через реку, чтобы показать, кто из них прав, кто более угоден Богу. Когда ученики сказали об этом Пахомию, он очень опечалился тем, что его монахи выслушали и передают такое поручение.