Господь даровал ему жизнь, и вскоре, в июле 1853 года, испросив родительского благословения, пришел он в Оптину Пустынь. Старец Макарий сказал матери будущего инока: «Благословенна ты, добрая женщина, на такой хороший путь отпустила сына!» С этого дня преп. Старец Макарий стал руководить духовной жизнью молодого послушника. Со временем, предчувствуя прибли- жение немощей и кончины, благословил обращаться за советом к преп. Старцу Амвросию. 17 ноября 1862 года брат Алексей был пострижен в мантию с именем Анатолия. К этому времени он был уже на послушании у преп. Амвросия.

С самых первых лет пребывания в обители жизнь будущего преп. Старца Анатолия была посвящена трудам на пользу ближних. Когда он работал на кухне, то не оставалось времени даже на сон, да и спать приходилось на дровах. А чтобы помолиться, побыть в редкие свободные минуть! наедине с Богом и своей совестью, приходилось уходить далеко в лес... Позже Старец Амвросий стал посылать преп. Анатолия в монастырскую гостиницу утешать скорбящих. А когда увидел прозорливый Старец, что ученик созрел для того, чтобы наставлять других в духовном делании, то стал постепенно вводить его в старческий труд, готовя себе ближайшего сотрудника и помощника.