После мученической кончины святителя Филиппа († 23 декабря 1569 года) тело его было погребено в Отроче монастыре, в Твери. Иноки Соловецкой обители, где он прежде был игуменом, испросили в 1591 году позволение перенести его мощи в свой монастырь. Многострадальное нетленное тело было положено в могилу, приготовленную епископом Филиппом для себя еще при жизни, под папертью храма преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, около гроба старца Ионы (Шамина), любимого наставника его в монашеских подвигах.