Священник Иоанн родился 13 ноября 1873 года в селе Толобино Серпуховского уезда в семье священника Луки Калабухова.
С 1900 года работал в Москве в булочной приказчиком. В 1908 году переехал в Архангельск, где год работал весовщиком на железнодорожной станции, а потом приказчиком у частного булочника. В 1915 году Иван Лукич поступил в Архангельскую Духовную семинарию, которую окончил экстерном. В апреле 1917 года он был рукоположен во священника ко храму в селе Ваймуга Холмогорского уезда Архангельской губернии.